2021年1月6日，广东省疾控中心成功从一例境外输入南非籍新冠肺炎病例的咽拭子中分离出501Y.V2南非突变株。这是广东省疾控中心继1月2日在一名英国输入新冠肺炎确认病例的咽拭子样本中发现了B.1.1.7突变株以来，再次发现并成功分离出新冠病毒突变株。
该病例为闭环管理的南非入境人员，男性，55岁，南非籍，航空公司飞行员。2020年12月8日晚从新加坡入境广州并采集鼻咽拭子进行核酸检测，结果为阳性。随后该名病例由负压救护车转运至广州市第八人民医院进一步隔离治疗。12月31日，广东省疾控中心收到广州市第八人民医院采集的病例咽拭子样本，马上开展病毒分离和基因测序分析工作，2021年1月5日晚，通过对原始样本和病毒分离培养物的再次复核鉴定，病毒基因组序列属于B.1.351亚型，提示为501Y.V2南非突变株。该病例目前仍在广州市第八人民医院住院治疗。
501Y.V2南非突变株基因组序列与参考基因组Wuh01（序列号MN908947）相比，具有23个核苷酸变异位点，除了与英国突变株B.1.1.7亚型有相同的N501Y突变外，不同之处在于还包含了对病毒感染能力有潜在重要影响的S蛋白E484K和K417N两个关键位点的突变。
501Y.V2南非突变株于2020年10月中旬首次在南非发现，2020年11月初起成为当地流行的主要毒株。目前，该突变株正在南非迅速传播，并且逐级取代了在该国东开普省、西开普省和夸祖鲁-纳塔尔省传播的其他型别的新冠病毒。根据世界卫生组织通报，截至2021年1月5日，除南非以外已有7个国家发现了该突变株。世界卫生组织专家认为，该南非突变株的传播力和致病力都需要进一步研究。
广东省疾控中心先后发现新冠病毒英国突变株和南非突变株，均是对自去年9月以来我省境外输入确诊病例、无症状感染者的样本进行回顾性基因测序分析发现。这些病例都能被广东省灵敏的疾病监测系统捕捉到，及时被纳入闭环管理，造成社区感染的风险极小。
广东省疾控中心将继续加强对新冠病毒突变株的研究，密切跟踪新冠疫苗对突变株的免疫保护效果评估，加强对突变株的基因测序分析和监测工作，进一步落实各项防控措施，确保相关突变株不在广东省造成后续传播。
1月6日晚，河北邢台疫情防控发布会通报：①邢台此次疫情发病快，呈现出家庭单位聚集特点，病例间有流行病学关联。②1月3日，第一时间将首批3例确诊患者的核酸样本，由河北省疾控中心送至国家疾控中心开展基因测序。根据6日上午反馈的结果，病毒传播与欧洲输入病毒高度同源，具有流行病学联系，从而明确了本次疫情的流行病学途径。③邢台南宫病毒与石家庄病毒高度同源，南宫市病例与石家庄市病例有流行病学联系。
1月6日，河北省卫健委通报，根据国务院应对新冠肺炎联防联控机制关于科学划分、精准防控等工作要求，自2021年1月6日起，将石家庄市藁[gǎo]城区全域调整为高风险地区。
1月6日，据杭州市卫健委通报，浙江杭州市报告发现一例境外输入复阳无症状感染者，系某民办培训机构外教。1月5日因单位要求前往医院采样检测中发现核酸阳性，经市疾控中心复核确认。其曾于2020年4月份在英国确诊为新冠肺炎无症状感染者，2020年12月从广州入境隔离14天期满，2021年1月2日抵达杭州。
后根据浙江省疾控部门流调情况并经东莞市进一步核实，其2020年12月31日至2021年1月1日期间，曾在东莞市活动，具体情况如下：
2020年12月31日乘坐12:26从广州站到深圳站的C7163列车6号车厢，13:10—13:40期间到过东莞火车站；
2020年12月31日14:00至2021年1月1日14:00入住东城ibis宜必思酒店；
2020年12月31日19:30至22:30到过东城AL CHILE墨西哥餐厅；
2020年12月31日22:30至2021年1月1日2:00到过东城Holly Bar（霍利斯音乐餐厅）；
2021年1月1日乘坐16:51从东莞东站到上海南站的T102列车9号车厢，15:10—16:10期间到过东莞火车东站内的肯德基餐厅。
